Baş Mühafizə İdarəsi müqavilə əsasında mülkiyyətçilərin əmlakının mühafizəsi və təhlükəsizlik işini təşkil edən, mühafizə xidmətlərinə görə müqavilə üzrə alınan vəsaitlər hesabına saxlanılan müstəqil struktur hissədir.
Baş İdarənin strukturuna Təşkilati-inspektor idarəsi, Xidmət şöbəsi, Mühafizənin texniki vasitələri şöbəsi, Kadrlar şöbəsi, Maliyyə-plan şöbəsi, Maddi-texniki təchizat şöbəsi, Baş idarənin inzibati binasının mühafizəsi bölməsi, Növbətçi hissələri idarəetmə xidməti, Katiblik, Şəxsi heyətlə iş üzrə qrup, Kompüterləşmiş mərkəzi mühafizə məntəqəsi, İdman kompleksi daxildir.